Rahvusarhiivi tegevusalad tuginevad arhiiviseadusele ja arhiivieeskirjale. Haridus- ja Teadusministeeriumi haldusalas lähtub Rahvusarhiivi tegevus arhiivindusprogrammist. Rahvusarhiivis registreeritud dokumendid asuvad avalikus dokumendiregistris. Puhkuse- ja lähetuskorraldused asuvad riigitöötaja iseteeninduse portaalis. Asutuse asjaajamist reguleerivad teabehalduskord ja liigitusskeem. Avaldatud on isikuandmete töötlemist puudutav teave ja juurdepääsu kord isikuandmeid sisaldavatele arhivaalidele. Rahvusarhiivi ametikohtade jaotus on kirjas koosseisutabelis. Palku ja töötasusid reguleerib palgajuhend. Eraldi lehelt on leitavad asutuse logod kujundus- ja trükifailidena eesti ja inglise keeles.
Arhiivi töötajad ja struktuuriüksused juhinduvad järgmistest põhimäärustest:
Andmed Rahvusarhiivi teostatavate ja teostatud riigihangete kohta on kättesaadavad riigihangete registrist. Riigihangete ettevalmistamist, läbiviimist ja hankelepingute sõlmimist reguleerib Rahvusarhiivi hankekord. Korruptsiooniennetus on korraldatud vastavalt Lobistidega suhtlemise avalikustamise juhendile kooskõlas Haridus- ja Teadusministeeriumi suunistega (kontaktisik Eve Sild, eve.sild@hm.ee, 735 4040).