Rahvusarhiivi tegevusalad tuginevad arhiiviseadusele ja arhiivieeskirjale. Haridus- ja Teadusministeeriumi haldusalas lähtub Rahvusarhiivi tegevus arhiivindusprogrammist. Rahvusarhiivis registreeritud dokumendid asuvad avalikus dokumendiregistris. Puhkuse- ja lähetuskorraldused asuvad riigitöötaja iseteeninduses. Asutuse asjaajamist reguleerivad teabehalduskord ja liigitusskeem. Avaldatud on isikuandmete töötlemist puudutav teave. Rahvusarhiivi ametikohtade jaotus on kirjas koosseisutabelis. Palku ja töötasusid reguleerib palgajuhend.
Arhiivi töötajad ja struktuuriüksused juhinduvad järgmistest põhimäärustest:
Andmed Rahvusarhiivi teostatavate ja teostatud riigihangete kohta on kättesaadavad riigihangete registrist. Riigihangete ettevalmistamist, läbiviimist ja hankelepingute sõlmimist reguleerib Rahvusarhiivi hankekord.